Come da comunicazione del Rettore dell' Ateneo perugino - prot. 03835 del 6 febbraio 2013 - ai sensi della L. n. 240/2010, è stata approvata - con parere favorevole del Senato Accademico e delibera del Consiglio di Amministrazione del 22 gennaio 2013 - l'istituzione dei nuovi Dipartimenti dell' Università. Il Dipartimento di Fisica e Geologia è stato costituito nell'anno accademico 2013-14 e trae la sua origine da due precedenti dipartimenti dell' Ateneo: rispettivamente quelli prima denominati di "Fisica" e di "Scienze della Terra".
Il primo nacque a fine ‘800 come un Istituto all'interno della Facoltà di Medicina, poi trasformatosi in Istituto di Fisica autonomo. Il primo Corso di Laurea in Fisica prese il via nell' A. A. 1978-79, quindi fu costituito il "Dipartimento di Fisica" in data 30 ottobre 1982.
Il secondo fu costituito nell'anno accademico 1977-78 come dipartimento disciplinare  e in forma "sperimentale" con il concorso degli Istituti di Geologia, di Mineralogia, di Petrografia e Geochimica e dell' Istituto Interfacoltà di Geografia. Cinque anni dopo, in applicazione della legge nazionale sulle Università 382/80, perse la qualifica "sperimentale" assumendo la denominazione ufficiale di "Dipartimento di Scienze della Terra", separandosi dall' Istituto di Geografia.
Entrambi i dipartimenti facevano parte della Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali, la cui intensa attività istituzionale si è svolta a partire da circa inizio anni '50 e fino al 2013, quindi per oltre un sessantennio.

A parte queste vicende istituzionali relativamente recenti, è certo che all'interno dell' Ateneo perugino, che vanta oltre sette secoli di storia, i primi indizi di studi sulla "filosofia naturale" si possono far risalire al medioevo, addirittura alla seconda metà del XIII secolo. Nel corso dei secoli successivi, assunsero gradatamente un carattere sempre più osservativo-empirico, ed infine, con la nascita del metodo galileiano, iniziarono gli studi scientifici veri e propri nell'area delle "scienze naturali". Nell'ambito di queste ultime, non potevano certamente mancare - per la loro basilare importanza - quelli nei settori sia teorici che sperimentali delle scienze fisiche, come pure di tutte le scienze riguardanti la formazione e la struttura del nostro pianeta.
 
Nel 1730 fu istituito l'insegnamento e la ricerca in "Fisica Sperimentale" presso la Facoltà di Medicina. Sempre nel XVIII secolo, furono fondati nuovi laboratori ("Gabinetto di Fisica Sperimentale"), oltre ad una sede di confronto e dibattito fra gli studiosi del settore ("Nuovo Teatro di Fisica Sperimentale"). Nel XIX secolo e ad inizio XX vennero approfonditi, in particolare, gli studi sperimentali di Elettromagnetismo (propagazione delle onde e.m. di Maxwell/Hertz, i primi studi sulla "telegrafia senza fili" che presto avrebbero condotto all'invenzione della radio; quindi anche studi sperimentali con oscillatori e valvole termoioniche). La storia della fisica e della geologia in Umbria annovera diversi personaggi di rilievo, quali ad esempio: Luigi Canali (1759-1841; studiò svariate scienze: chimica, mineralogia, paleontologia, elettrologia, climatologia fisica, astronomia); Enrico dal Pozzo di Mombello (1822- ; si occupò di fisica, chimica, geologia, paleontologia e psicofisiologia); Antonio Verri (1839-1925; geologo, paleontologo, ingegnere idraulico); Bernardo Dessau (1863-1949; fisico); Franco Rasetti (1901-2001; fisico, geologo, paleontologo, entomologo e botanico).

Al giorno d'oggi, il Dipartimento di Fisica e Geologia rappresenta una concentrazione di risorse e laboratori tecnologicamente avanzati al servizio della ricerca e dell'alta formazione, offrendosi anche come luogo d'incontro altamente specializzato per tutte le realtà scientifiche attive in Umbria. Ad esso fanno riferimento, oltre ai docenti e al personale tecnico-amministrativo dell' Università, numerosi giovani ricercatori italiani o provenienti dalla comunità scientifica internazionale, titolari di assegni di ricerca o di borse di studio, gli studenti dei vari corsi di laurea o laurea magistrale e del dottorato, i quali tutti con grande interesse ed entusiasmo partecipano alle molteplici attività dei gruppi di ricerca del Dipartimento.